除去食なのに卵のアレルギー値が上がっています

たしかに、アレルギーを改善させるためには、原因となる物質を少量摂取しながら耐性をつけていくという方法もあります。近年では、アレルギーの原因である食品を積極的に摂取し、耐性をつける治療法を行っている施設もあります。ただし、アナフィラキシー・ショック（急性アレルギー反応の一つで、強いショック等激しい症状を引き起こす反応）などに備えて入院し、厳重な医師の観察管理のもとで行われています。
しかし、この治療法はまだ一般的ではなく、2歳という年齢を考えると除去食を続ける方がよいと考えます。完全除去か段階的に解除してもいいのかという具体的な方針については、主治医の先生に相談されるのがベストでしょう。