おしっこが後ろに飛ぶのは包茎のせいでしょうか？

包茎で亀頭が出ていないと、排尿時に便器への尿線が定まらないため、尿があらぬ方向に飛び散ってトイレを汚すことはよくあります。
3歳で積極的に包茎を治した方がいいのかというと、これからペニスが成長し、包茎が治ってくる可能性がありますので、そのまま様子を見ていただいていいと思います。包茎にステロイドの塗り薬を塗って包茎を治療する方法はありますが、数回塗って魔法のように治る訳ではありません。小児外科、泌尿器科、小児科の医師から塗り方や回数などを指導してもらう必要があります。
今の段階では、排尿時のペニスの持ち方や、排尿時には包茎の皮を根元へ引っ張り、包茎の皮と亀頭の間に空間がないようにすることなどを、教えてあげてください。