いつも同じ方向で寝ているせいか頭の形が変わってしまいました。

この先もずっと同じ方向で寝ていれば、頭の形は戻らないかもしれません。しかし、じっと身じろぎもせずに寝ていることなど、絶対ありえません。あっち向いたりこっち向いたりしていれば、だんだん頭の形はよくなってくると思います。幼稚園くらいまでは、様子を見てみてはいかがでしょうか。
また頭の外側と中味は全く関係ないので、どんなに絶壁でも左右不対称でも、脳みそには影響ありません。将来お子さんから「頭がいびつだから勉強ができない」などと言われたら、胸をはって「それは違う！」とおっしゃってください。