おへその中が黒いのですが自然に消えますか？

3ヶ月のお子さんであれば、肉芽の処置で黒くなったままになっているとは考えにくいです。
多くの親御さんは、おへそを触ることを恐れて入浴の際にしっかり洗わないため、垢がついて、おへその奥が黒ずんだままになっている赤ちゃんをよく見かけます。
ベビーオイルをおへそにたらして、垢を柔らかく浮かせて取るか、入浴後におへそを広げて、タオルなどでふき取ってもいいでしょう。