40歳で子宮筋腫があり出産する病院について迷っています

子宮筋腫合併、高齢出産、体外受精という状況のなかで授かった大切な命ですから、医師には妊娠経過や出産時に慎重に対応していきたいという思いがあるものと思います。最初からかなりリスクが高いと思われる場合は、大きな病院への受診をすすめられると思います。ご質問の内容では、出産時に想定外に何かあったときには搬送するということをおっしゃっていると思いますので、今までどおりに通院されても大丈夫かと思います。
しかし、途中から急に転院になるのは不安でしかたがないということでしたら、前もって転院をされてもよろしいかと思います。