うんちが出なくなりました

生後三ヶ月の息子のうんちが出なくなってしまいました。

生まれてすぐは母乳とミルクの両方を与えていました。
ですが、生後１ヶ月の時にうんちが緩くなり、病院に行ったところ、ミルクアレルギーかもしれないのでミルクをやめて様子をみた方が良いと言われました。それをきっかけにミルクをやめて１ヶ月半くらいたちます。(うんちはミルクをやめて１ヶ月たったころに治りました)

もともと混合で育てたいと考えていました。なので昨日病院でミルクの相談をしたところ、少しずつあげてみても良いと言われましたので、久々でしたが100mlあげてみました。
すると、その二時間後くらいに敷物も汚れるくらいのかなり大量のうんちが出て、またその三時間後色の少し明るい色(母子手帳のうんちの表にある3番くらいの色)に少し赤いつぶつぶが混じったうんちが出て、その後丸一日はうんちが全く出ませんでした。

病院に行ったところ、綿棒刺激をすれば大丈夫とのことだったのですが、いつもは一日に何度もうんちをするタイプだったので少し心配です。(体調は元気です)
本日も綿棒刺激でうんちを出したきり、もう何時間も経つのにうんちが出ていません。

赤ちゃんは何日かうんちが出なくてもあまり心配し過ぎなくて良いと聞きますが、ミルクをきっかけにうんちが出づらくなってしまった場合も心配はいらないのでしょうか？また、またミルクを飲ませるのをやめれば前のペースに戻るものなのでしょうか？

長々と分かりづらい文章で申し訳ありません。
よろしくお願いします。