父親との別居後、不安定な娘について

わが家は、私と娘2人、私の両親の5人で生活しています。相談は、上の4歳の娘についてです。娘は、今年の4月から幼稚園に通い始めました。幼稚園はとても楽しく通っています。何もなければ普通に過ごしているように思うのですが、2つの点が気になります。
1）男の人が苦手で、幼稚園の男の先生やお友だちのお父さんに会っても、隠れてしまって、あいさつどころか目を合わせることもできません。園では男の先生に声をかけられると悲鳴をあげて逃げ、泣いてしまうこともあるようです。また人見知りも激しく、初めての人はその存在がないかのような態度だったりします。
2）妹が叱られるのを、とても嫌がります。嫌がるというよりも、まるでおびえているようです。また、妹より気弱で、たとえば妹に少し踏まれたりしただけでも、泣いて訴えにきます。
これらの行動の原因としては、2年前に子どもの父親が家を出て行き、先方の申し立てで離婚調停をしたことではないかと思っています。私は妊娠中だったこともあり、不成立に終わりました。それから2カ月に一度くらいは会いますが、別れ際はいつも泣いています。パパのことが大好きで、父親がいない理由を聞かれたときは、「お仕事が忙しいのよ。でもパパもママもあなたのことが大好きよ」というようなことを言っています。父親が出て行ったあとに妹が生まれて、「赤ちゃん返り」をしたので、下の子と一緒におっぱいをあげたり、抱っこをしたりしていました。夜泣きも一緒にしていたので、おんぶや抱っこで寝かせたりしていました。今はおっぱいはまずいと言って飲みませんが、抱っこはよくしています。ただし、ボタンかけのように、自分でできることはなるべく自分でさせるようにしています。もっと、上の子が望むすべてをかなえて、甘えさせたほうがよいのでしょうか？ それとも、もう少し離してみたほうがいいでしょうか。とても迷っています。