娘は「自分は男だ！」と言い張ります

性同一性障害かどうかは、3歳ではまだわかりません。この年齢では、「女の子でしょ」と周りが強調すると、反発して「男の子！」とムキになるものです。
男の子、女の子の区別がはっきりしてくるのは、5～6歳くらいからです。その頃になると、大人がびっくりするほど、「おちんちん」「おしっこ」「ウンチ」などの言葉が子どもたちの間で飛び交い、「自分は女の子なんだ」と意識し始めるのです。また、上にお兄ちゃんがいて、いつも親の話題の中心になっていると、女の子は「私が男だったら……」と、うらやましく感じるものです。
男女の区別を教えるより、人としての存在価値を重視して接したいものです。洋服も、本人が女の子らしい服装を嫌がっているなら、それを尊重してあげましょう。たとえば、フリルのついたデザインより、スポーティーなものを揃えてあげるといいでしょう。
幼稚園の制服のスカートは仕方ありませんが、家でもスカートを嫌がるなら、無理にはかせることはありません。また、自分でスカートを選んではいたとしても、大げさに反応しないことです。「その服も似合ってるよ」「そういう服も素敵ね」などと、さりげなく言ってみましょう。